根据上述职责，市财政局设16个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担文稿起草、政策研究、信息、安全保密、信访、政务公开等工作；承担机关和所属单位的机构编制、人事管理和教育培训规划；承担机关财务、政府采购、资产管理工作。
（二）综合科
分析预测全市财政经济形势并提出建议，研究拟订市财政收入分配办法；管理住房改革预算资金；会同有关方面拟订土地、矿产等国有资源收入管理办法措施；承担彩票管理的有关工作。
（三）条法税政科
负责审核报批地方税减免和税率调整工作，拟定市地方税收政策及调整方案；负责全市税收资料的普查、统计、分析以及税源和收入结构的调查，分析税源和税收负担变化，研究提出通过税收调节经济运行和国民收入分配的政策建议；研究税收理论，宣传税收法制和政策；承担有关行政复议、行政应诉工作；承办有关关税工作。
（四）预算科
研究提出财政政策、财政体制、预算管理制度和中长期财政规划的建议；编制年度全市及市本级预算草案和办理预算调整事宜；承担市本级部门预算审核、批复、调整工作；承担市本级预算支出标准体系建设及项目库管理工作；研究建立财政支出绩效评价制度和评价体系；承担市对旗县区的转移支付工作，汇总年度市、旗县区财政预算；拟订地方债务预算管理办法；完善财政管理体制，办理市与旗县区财政年终结算；承担军队、武警等方面的预算管理工作。
（五）国库科
组织预算执行及分析预测，拟定并组织实施总预算会计、行政会计及政府会计制度和国库管理制度、国库集中支付制度；管理财政和预算单位账户、财政决算及总会计核算；承担国库现金管理的有关工作。
（六）行政政法科
承担行政、政法等方面的部门预算有关工作；拟订相关财务管理制度；管理援助经费；承担统一着装管理工作。
（七）教科文科
承担教育、科技、文化体育等方面的部门预算管理有关工作，研究提出相关财政政策；拟订全市事业单位通用的财务管理办法；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作；承担市本级国有文化企业资产与财务管理的有关工作。
（八）经济建设科
负责财政对基本建设、城市维护和管理、环境保护、地质勘查、资源利用、土地整理及有关节能减排等专项投资的预算分配及财务管理；监督并执行基本建设项目、城市管理企业、地质勘查单位财政预算和财务管理制度；负责对其管理的各类专项资金进行投资评审与绩效评价。
（九）经济贸易科
负责对财政安排的口岸、服务业、城乡物流、农村供销、粮油收储加工、产粮产油等专项投资进行预算分配和财务管理；监督执行粮食、商贸等第三产业财政预算及企业财务管理制度；负责组织对其管理的专项资金进行投资评审与绩效评价。
（十）农牧业科
承担农业、牧业、林业、水利、气象、扶贫等方面的部门预算有关工作，研究提出相关办法措施；拟订财政支农支牧资金管理办法和有关行业事业、企业财务管理制度；管理支农支牧专项资金，管理政策性农牧业和扶贫专项贷款贴息；管理和统筹安排中央、自治区和市财政农业综合开发资金。
(十一)社会保障科
承担人力资源和社会保障、民政、卫生等方面的部门预算有关工作；会同有关方面管理市财政社会保障和就业及医疗卫生支出；会同有关方面拟订有关资金(基金)财务管理制度；承担社会保障基金财政监督管理工作；编制市本级社会保障预决算草案；审核全市社会保险基金预决算草案。
(十二)工业交通科
负责财政对工业企业、能源、公路、铁路、民航、安全生产、企业科技创新、对外投资、企业节能技术改造等专项投资的预算分配和管理工作；监督执行工业、能源、交通运输企业财政预算与财务管理制度；负责编制国有资本金经营预算；负责组织对其管理的专项资金进行投资评审与绩效评价。
(十三)涉外科
对全市拟申请国际金融组织和外国政府贷(赠)款项目进行审核、组织评估、提出建议并向国家申报；对市内国际金融组织和外国贷(赠)款项目进行财务管理并监督落实偿债资金；研究拟订贯彻执行国家、自治区关于金融机构财务管理制度的办法和措施，并监督实施；监控和统计分析地方债务，管理政府偿债准备金和财政担保资金；参与涉外债务等国际谈判；对全市历年预算执行过程中形成的债务进行清理和管理。
(十四)会计科
负责全市会计管理工作，贯彻落实国家会计法律、法规和制度；拟订并组织实施地方性政策规定；按规定承担全市会计专业技术资格管理工作；承担指导和监督注册会计师、会计师事务所的工作；指导和推广实施会计信息化标准。
(十五)政府采购科
拟订市人民政府采购制度、办法并组织实施；编制市人民政府采购目录、年度采购预算和采购计划；指导全市政府采购工作；负责受理政府采购的投诉及处理工作。
(十六)市农村牧区综合改革小组办公室
负责起草全市农村牧区综合改革方案和重大政策措施，指导和推动改革工作；承办市农村牧区综合改革小组的具体工作。
机关党委 负责机关和所属单位党群工作。
离退休人员工作科 负责机关离退休人员的管理和服务工作，指导所属单位离退休人员管理和服务工作。
