近年来，市审计局以统一组织审计项目为载体，将对旗县区审计机关的业务指导贯穿于审前、审中、审后全过程，努力实现“做一个项目、带一支队伍、出一批成果、促一方发展”的目标。
审前专题培训。牵头业务科室在审前调查的基础上，提前编制审计工作方案、数据分析操作指引、政策法规汇编等指导性文件，采取多种方式组织开展审前培训，让各旗县区审计机关熟悉和掌握相关领域审计指南以及政策法规，从而更好地指导其协同工作。如在医疗保险基金专项审计调查中，编制工作方案和《工作动态》指导旗县区有针对性地开展审计；在国家重要农畜产品生产基地建设专项审计调查中，邀请农牧、水利和审计专家为各旗县区相关人员讲解农牧政策、分享审计经验。
审中组织指导。在统审项目实施期间，通过现场调研指导、安排专人对接、召开中期汇报会、发布审计工作动态等方式，全面跟进掌握各旗县区审计组工作进度，研究解决审计中遇到的复杂疑难问题，通过实战化指导，快速提升旗县区审计人员的政策水平、专业素养和实战能力。如在乌梁素海山水林田湖草沙生态修复试点工程竣工决算审计中，坚持问题导向，强化现场指导，对各旗县区查出的重大问题与审计组共同研究问题定性、定责、处理及政策法规应用，切实推动审计项目圆满完成。
审后复盘总结。各旗县区审计组上会的代拟稿，特别是涉及问题定性、处理处罚建议的，由市审计局集中审理或复核，确保政策把握、法规适用、处理建议的统一性和准确性，并对审理意见进行反馈，指导各旗县区完善报告。在项目成果利用上，围绕审计计划、审计实施、审计报告3个阶段10个方面的内容对参与统审项目的科室和旗县区审计局进行后评估，形成审计质量管控闭环。
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